西藏不能没有光明——人间失去了太阳，万民就更加仰望黑夜里的月亮。日思夜想着西藏的班禅，现在打算回家了。噶厦政府致电班禅：自达赖圆寂后，全藏僧俗妇孺，莫不盼祷班佛早回藏土。但是有条件，这条件是唯一的，也是绝对的：望佛座勿带蒙汉官兵，以免如油浸纸，危害西藏政教，此系全藏人民公意，如不容纳，将必坚决抗拒。作为政治家的班禅当然不可能接受这样的条件。他意识到自己在西藏尽管是万民仰慕的教内至尊，但如果没有代表中央政府的军队护卫，他在掌握军政大权的噶厦政府面前，不过是一个傀儡。甚至他想到这或许是噶厦的阴谋，诱他入藏，然后控制他或者除掉他，以免他在达赖还没有转世和转世以后幼年不能过问国是的时候，被别人利用，形成气候，壮大势力。班禅借中央政府的回电同样坚决：中央所派专使与其率领人员，以及仪仗队，此次护送大师入藏，噶厦不得加以阻难。又称：如果不能完全接受上述意见，则噶厦对我佛必仍无诚意。
1936年6月，九世班禅离开南京，来到青海，准备返藏事宜。他先是住在西宁塔尔寺，后来又西进到香日德设立了行辕。这时候抗日战争爆发了。班禅从自己少而又少的经费中挤出三万元捐赠前线，又拿出两万元认购公债。他告戒行辕全体僧俗官员，饭少吃一顿，衣少穿一件，人人捐款，慰劳前线将士，救济离乡难民。佛足踏入香日德之后，甘青两省的蒙古族和藏族闻风而动，前来朝拜。王公千户们联合拨出一部分牧民作为班禅的属民，归班禅行辕直接管辖。后来这部分牧民逐渐在香日德形成了一个部落，自称为香加旗。
12月初，班禅一行离开香日德，18日进抵青海玉树。噶厦政府早有代表守侯在这里，一面是迎接，一面以噶厦公函的形式提出：班禅轻骑回藏，不带汉方官兵。班禅行辕必须服从拉萨政府命令。班禅电告中央，中央来电：拟请我佛即遵中央劝告，暂缓入藏。班禅当即致函护送专使赵守钰：噶厦方面毫无欢迎诚意，反欲使班禅与中央断绝关系，听彼指挥。班禅东来十有五载，谬荷中央依畀，殊遇优渥，心切五族团结，共安边防，冀报党国于万一，宁愿牺牲个人，力全大局，不愿中央威信陷于隳堕，即遵前令，暂缓西行，以待将来。
班禅一行在康巴人的玉树稽留了整整一年。1937年11月4日，班禅大师突然感到身体不舒服，唤来随行藏医诊视。藏医说：佛爷，你这是积劳成疾啊，你这是抑郁成病啊，你这是颠沛流离、居无所定酿成的苦啊。藏医给他服了治疗胃病和肿瘤的十三种金色，但病情未见好转。以后的几天里，班禅饮食难进，勉强吃一点，马上就吐了。而且左肋剧痛，无法安卧，双脚也开始黄肿，日益严重。到了26日，黄肿已经过膝，大便出血，嘴里干苦无比，咳嗽气喘得几乎不能说话。12月1日凌晨2时50分，九世班禅吉尊洛桑曲结尼玛格勒朗杰巴桑布，在青海巴颜喀拉山脚下的玉树寺拉加颇章宫中圆寂，享年五十五岁。
追荐法事在离内地十分遥远离拉萨和日喀则也十分遥远的玉树草原上寂寞地举行。这是个大雪飘飞的日子，牧民们瞻仰遗容的队伍就像翻山越岭的长城，一千盏酥油灯照亮着人心，数百名红衣喇嘛经声大作，人头鼓又一次敲响了，辽阔的玉树草原一片虔诚。这是永远的遗憾——九世班禅自1923年11月逃离日喀则以后，在内地流浪了十四年零十五天之久，始终没有实现返回故乡的愿望。
1940年，经噶厦同意，班禅行辕一部分四百余人，护送班禅灵柩入藏，前往札什伦布寺建塔供养。班禅行辕的另一部分也是四百余人，移住香日德，屯田垦荒，那儿有班禅属民的部落。
九世班禅圆寂后，西藏噶厦政府、日喀则札什伦布寺、滞留青海的班禅行辕，都开始不辞劳苦地寻访九世班禅转世灵童。不久，班禅行辕在辽阔的安多地区寻访到十七名聪明睿智的灵童，迎进青海塔尔寺，在隆重的宗教仪式中，一一甄别认选，六名灵童脱颖而出。经打卦问神，认定降热嘉措灵慧超人，是九世班禅的转世灵童。但仿佛是有意禅让，降热嘉措迅速地得病夭逝了。班禅行辕只好再次筛选。他们又将另外五名灵童的名字写在经帖上，用酥油糌粑团包好，放入金瓶里，由一队喇嘛护送到大金瓦殿，点灯焚香，集体祈祷，然后摇动金瓶，摇着摇着就有一个糌粑团跳了出来。主持喇嘛剥开一看，上面的名字是温都·贡布才旦。这是个来自青海循化县温都乡一户贫困农民家的孩子。转世灵童初步确定了。
1946年12月，札什伦布寺的寻访队伍来到塔尔寺，与班禅行辕会商，双方毫无异议地确定贡布才旦就是九世班禅的转世灵童，并呈报国民党政府批准。与此同时，西藏噶厦政府在西康省理塘县和昌都八宿县，寻访到两名转世灵童。问题迅速变得复杂起来，青海、西康、西藏三地分别有了三位转世灵童，到底哪一位是真正复活了的班禅呢？长达五年的争论由此开始了。噶厦方面认为，应该把三位灵童全都迎请到拉萨，采用金瓶抽签的办法，最后确定。班禅行辕反对，认为贡布才旦灵异超人，相貌堂堂，转世灵童必他无疑，不用再搞金瓶抽签。双方争持不下，希望国民党政府表态。
1947年春，班禅行辕派人前往南京，向当时的行政院院长孙科、考试院院长王云五、监察院院长于右任、立法院院长戴传贤、蒙藏委员会委员长许世英等党政要员说项，并赠送了大量从西藏带去的黄金、文物、药材。但这些大员只受礼不办事，不是推委，就是模棱两可地表态。最后由行政院代表蒋介石表态：确定灵童一事，应取得西藏宗教主的承认才行，目前不宜立即作出决定。
1949年初，蒋介石下野，李宗仁代任总统，国民党政府迁都广州。班禅行辕追撵到广州请求李宗仁批准转世灵童。一个江河日下的政府，一个运衰而生的总统，能办的事情已经不多了，前来求情送礼的也不会再有了。李宗仁多少有点凄惨的感动，当即同意了班禅行辕的请求。于是国民党政府于1949年6月3日颁布命令：青海灵童官保慈丹（即贡布才旦），慧性澄圆，灵异夙著，查系第九世班禅额尔德尼转世，应即免于掣签，特继任为第十世班禅额尔德尼。8月10日，由专使关吉玉和青海省主席马步芳主持，在塔尔寺普观文殊殿前，大讲经院内，给十世班禅举行了隆重的坐床大典。但是教界人士都知道，没有达赖极其噶厦的认可，仅靠国民党政府的颁令，班禅的名分是不牢靠的。
1949年10月1日，中华人民共和国成立，这对班禅来说是个绝好的机会。班禅行辕马上致电中央人民政府：速发义师，解放西藏，本佛誓率西藏爱国人民，唤起西藏人民配合解放军，为效忠人民祖国奋斗到底。这就是说，班禅及其庞大的行辕又要进藏了。中央人民政府立即作出反应：你和你的教民拥护我们，我们就支持你们返回西藏。
返回西藏的一切准备，都在新政权的领导下，紧锣密鼓地开始了。
远在布达拉宫的十六岁的达赖喇嘛不久就知道了班禅要回来。他在咨询噶厦要员的意见之后，对此采取了明智的态度。1951年6月，达赖电告班禅：我卜卦所得良好征兆，您确是前辈班禅化身。决定后已公布札什伦布讫。现在希望您即速起程回寺，所经道路决定后先来电为荷。这是十三世达赖和九世班禅之间展开神与神的对抗、人与人的争斗以来的二十九年中，达赖和班禅的第一次默契。它表明，班禅在宗教方面的合法性，通过卜卦，得到了另一位宗教领袖的承认。
再也没有什么问题了，从宗教到政治，十世班禅都将以最可靠的保证，堂皇而骄人地回归一个他从来没有见识过的老家。
1951年1月30日，中共中央统战部长李维汉在北京召集中共西北局统战部长汪锋、西北军区政治部联络部长范明、中共驻班禅办事处助理代表牙含章，首次研究了班禅返藏的护送计划。李维汉传达了中央精神：一、在将要全面开始的对西藏的解放中，西北军区的任务是配合西南军区，准备接受后藏，阿里地区由王震从新疆派部队进入。二、考虑成立解放后的西藏军政委员会，作为成立自治区的过渡，由中央某一领导人兼任军政委员会主席，达赖、班禅和西藏工委负责人担任副主席。三、西北方面也要注意争取达赖，尽可能争取已在亚东（中印边界小镇）的达赖不要出走，达赖亲政就是实现和平解放西藏的象征。四、由西北军政委员会派代表进驻班禅行辕，如果由中央派代表，可能会刺激达赖方面。五、给班禅配备一个警卫营，对混进班禅行辕的国民党人员要彻底清理。为了做好班禅堪布会议厅内部的政治思想工作，中央拟调山西省的梁选贤担任堪布会议厅副秘书长。
下午，周恩来总理把讨论护送班禅返藏的全体人员召进了他的办公室。他指示：一、需要由西北军区解决的调配部队、武器装备等事项，由你们起草电文，中央作为命令发出，必须解决。二、中央答应班禅的事，如派干部和卫队等，三月底以前一定办完。三、将来你们进藏可分为若干梯队前进，现在必须马上准备驮畜和粮秣。四、行动时要和西南进藏部队通电联络，可以找杨尚昆同志要一份密码。出发后，先遣部队即归18军指挥，进藏以后，可能统一归西南局领导。五、进藏路线决不能改为从玉树到昌都前往拉萨，那条路上有西南军区的几万大军要通过。你们要从藏北进去，完成占领黑河（那曲）的战略配合任务。六、外交干部将来可以从驻印度大使馆抽调，宣教干部另外找。七、边疆干部的待遇研究另定，苏联西伯利亚干部的待遇比内地高一倍，我们不必那样，问一下西南，或由西北提出一个意见，看需要再定。干部的家属，将来西藏解放后负责送去。八、一切准备工作要赶在3月底完成，责成西北局和西北军区负责，到时完不成要唯他们是问。最后周恩来总理问道：你们打算把驮畜和粮秣还有其他物资集中到什么地方？西北军区政治部联络部长范明拿出地图，告诉周总理：就是这个地方。周总理看了看说：香日德？为什么要在香日德？范明说据我们调查，这个地方平坦开阔，有草有河，便于牧放驮畜，更主要的是有一条简易公路，汽车可以直接把粮食等物资从西安、兰州、西宁拉到这里。周总理用指头在地图上画了画说：看样子这是个从西北进入西藏的大本营哪，要派一个得力干部负责这里的工作。范明说我们已经研究过了，准备派西北军区后勤部分管军需的干部李金刚去具体负责。周总理点了点头，好像重复了一句：李金刚？