但转眼桓温便想到，皇帝司马奕自继承大统以来，素来是谨小慎微，从无过错，不似昌邑王荒淫无度，也不似太甲那般败坏纲纪，他虽有心废立，但却无法做到让人无所非议，到时强行废君，恐怕引来天下勤王之师，国中动乱，秦国又在北方虎师眈眈，若是被秦国趁虚而入，岂不得不偿失了吗！
想到这里，桓温道：“然帝素无过失，何以废之？”
郗超突然笑了，显然他早已想到了这一点，已为桓温想到了对策。
只听郗超道：“帝虽尚无过失，明公亦可使其过失闻于天下！”
桓温闻言，倒有些不明白了，若是自己诬陷君王，以图废立，一旦被人发现，岂不更是罪莫大焉，会引来更大的麻烦。
但看到郗超如此的自信，桓温却想听一下郗超到底有何高见！
桓温问道：“天下之人，并非皆可愚之，嘉宾所言，实可行否？”
郗超道：“陛下继位以来，朝堂政事，少有决于帝手，欲从大事之对错诬之，天下之人皆知其冤。然宫墙之内，床第之事，外人如何得知，若陛下有坏宗庙社稷之举，明公为保宗庙社稷而废之，天下谁人敢言！”
郗超说完，桓温的眼睛不禁亮了起来，这的确是一个好办法，宫中之事，除了宫中之人，以及亲近之大臣，谁也不知其真伪，而现在他控制着宫禁兵权，谁又敢不听他的话呢！
桓温大笑道：“嘉宾此计甚妙，想来嘉宾心中，早已有了盘算，接下来具体要怎么做，就请嘉宾直说吧。”
郗超微微一笑，说道：“在下以为，可以向朝野散播“帝早有痿疾，嬖人相龙、计好、朱灵宝等，参侍內寝，二美人田氏、孟氏生三男，将建储立王，倾移皇基。”待朝野俱知其事，气候已成，便可请太后下旨废立。”
这不可谓是一条毒计，只要按部就班的施行，那么当今的皇帝在群臣百姓面前的威望顿失，还无端背上倾移祖宗基业的恶名，他的皇帝，恐怕也就当到头了。
桓温对于这一计，自然是不能再满意了，于是当即便四处派出亲信，在朝野之中散播此言，不到一月的时间，整个江左，不论是朝堂，还是乡野，流言已经变为了所有人深信不疑的事实！
见时机已经成熟，桓温当即从广陵赶回姑孰，然后赶往建康，十一月十三日，桓温抵达建康城。
到了建康城，桓温已按捺不住兴奋的心情，当即命人草拟奏章，请褚太后废帝立丞相、会稽王司马昱，然后急派人将奏章送入宫中，呈递太后御览。
当时褚太后正在佛堂礼佛烧香，一内侍急入门内，向褚太后禀报道：“外有急奏。”
褚太后闻言，再拜而出。
在佛堂门口，褚太后接过奏章，只看了数行，便发觉不对，喃喃道：“我本自疑此！”
一旁侍候的内侍还以为褚太后是说奏章中所言之事与她心中所想暗合，但哪里知道，她所怀疑的却是外间传出皇帝有污宗庙之事，是不是桓温想借此行废立之举，如今看到这份奏章，更是确定了她心中所想！
褚太后有继续看了下去，看到一半，实在不想再看下去，便对内侍道：“给哀家拿笔来。”
内侍闻言，连忙去取，不一会儿，便将笔墨取来，只见褚太后提笔在奏章最后写道：“未亡人不幸罹此百优，感念存没，心焉如割！”
现在桓温在朝中权势之盛，已然无人可制，褚太后即使知道皇帝之冤，却也无可奈何，只得写下这几行哀叹之语，让人将奏章交复桓温。
桓温见到褚太后的答语，又询问内侍太后在读奏章之时，可有他语，桓温得知褚太后所言之后，心中对她写下的这几行字的理解也就更确信了，在他看来，现在褚太后是支持他的了！
于是两日之后，十一月十五日，桓温便迫不及待的将百官召集于朝堂，百官闻将废立，无不震恐，
桓温此时看到如此场景，心中既有满足之感，却又不知下一步该如何进行，毕竟废立之事，已是旷代所无，百官无人知其故典，桓温之前也没有想到这一层，现在竟有些不知所为了。
这时王彪之见状，知道事情到了如今这个地步，已经是无法阻止了，便上前对桓温道：“明公阿衡皇家，当倚傍先代。”
其言下之意，便是取法于先代，伊尹废立之时，年代久远，经籍虽载其事，却不书其礼，但霍光废昌邑王，距今不过才四百余年，又有汉书可查，要看的，自然是霍光传。
于是桓温赶紧命人取来《霍光传》，定礼仪于须臾之间。
只见王彪之朝服当阶，神采毅然，曾无惧容，文武仪准，莫不取定。
然后宣太后之令：“王室艰难，穆、哀短祚，国嗣不育，储宫靡立。琅邪王奕亲则母弟，故以入纂大位。不图德之不建，乃至于斯。昏浊溃乱，动违礼度。有此三孽，莫知谁子。人伦道丧，丑声遐布。
既不可以奉守社稷，敬承宗庙，且昏孽并大，便欲建树储藩。诬罔祖宗，颂移皇基，是而可忍，孰不可怀！今废奕为东海王，以王还第，供卫之仪，皆如汉朝昌邑故事。
但未亡人不幸，罹此百忧，感念存没，心焉如割。社稷大计，义不获已。临纸悲塞，如何可言。”
所宣之令，本是桓温命人所草，其中不过十八字是褚太后亲笔所写，但当朝宣下，群臣无不震栗。
于是百官入太极前殿，桓温使督护竺瑶、散骑侍郎刘亨收帝玺绶。帝著白帢单衣，步下西堂，乘犊车出神虎门，群臣拜辞，莫不歔欷。侍御史、殿中监将兵百人卫送东海第。
桓温温帅百官具乘舆法驾，迎会稽王于会稽邸。王于朝堂变服，著平巾帻、单衣，东向流涕，拜受玺绶，是日，即皇帝位，改元咸安。
司马昱既被立为帝，第一个引见的，便是桓温。
桓温在去见司马昱之前，本来曾写了一篇辞章，准备当面向司马昱陈述废立之本意，可是在见到司马昱的时候，司马昱便开始流起了眼泪，且一直不停，桓温见状，不由得心中生惧，竟没有说出一句话！
桓温既废东海王，下一个矛头，便对准了武陵王司马晞，司马晞是当朝太宰，又好习武事，似要争夺兵权，所以桓温对他有些顾忌。
现在桓温一时威权无二，怎能容忍有人与他争权，于是便动了废掉司马晞的念头。
而桓温这个时候想起了当日在朝堂上镇定自若的王彪之，便将此事拿去询问于他，可谁知王彪之此时却劝道：“武陵亲尊，未有显罪，不可以猜嫌之间便相废徙。公建立圣明，当崇奖王室，与伊、周同美；此大事，宜更深详。”
桓温心中早已定计，自然不会接受王彪之的意见，说道：“此已成事，卿勿复言！”
王彪之闻言，也不再相劝，只得在心中暗自叹息，希望桓温的动作不要太快！
可仅仅几日后，桓温便上表道：“晞聚纳轻剽，息综矜忍；袁真叛逆，事相连染。顷日猜惧，将成乱阶。请免晞官，以王归藩。”
表章一上，司马昱也无可奈何，只得准了桓温的请求。
司马晞免官归第，但桓温的步伐并没有停下，他再一次想起了当初和他争权的殷浩，虽然殷浩已死，但殷家豪门巨族，势力仍是强大，再加上之前一直把持朝政的庾氏一族如今与殷浩之子殷涓甚为亲密，桓温便想一举将他们除去。
现在已是时机最好的时候，于是桓温强行诬陷殷、庾两家谋逆，一时间便剪除了殷、庾这两家敌对势力！
而在此之后，桓温仍不罢休，想要将司马晞也连同诛杀，以绝后患，但司马昱却念及兄弟之情，诏答桓温道：“悲惋惶怛，非所忍闻，况言之哉！其更详议！”
桓温见诏，却一点也不想收手，继续上表请求诛杀司马晞，用词也比前表更为酷切了。
司马昱见表之后，不禁气愤非常，亲自手书诏旨道：“若晋祚灵长，公便宜奉行前诏；如其大运去矣，请避贤路。”
司马昱的话说得很清楚，你桓温要想还做晋臣，便奉前诏行事，若是晋国当灭，那便代我为帝。
桓温见诏，不禁流汗变色，不敢再奏请诛杀司马晞了！
尽管桓温行了废立之举，但却还不敢公然取而代之，因为他还有所顾忌！
桓温诛杀殷、庾之后的第二日，桓温前往宫中上朝，侍中谢安见桓温到了，远远的就行礼拜之，桓温见状，不由得一惊，等来到谢安面前，桓温不禁问道：“安石，卿何故如此？”
谢安道：“未有君拜于前，而臣揖于后。”
谢安的言下之意，便是桓温现如今已俨然成了晋国的君王，而不是臣子了！
十一月二十七日，桓温废立君上的消息传到了长安苻坚的耳朵里。
第二日，苻坚于早朝最后，忽然问群臣道：“当今天下，诸位爱卿可曾听闻有什么大事发生吗？”
苻融道：“臣闻桓温废立君上，又屡诛政敌，实乃亡国之象！”
苻坚道：“温前败灞上，后败枋头，十五年间，再倾国师，六十之叟，举动如此，不能思愆自贬以谢百姓，方更废君以自悦，将何以自容于四海乎？谚曰：怒其室而作色于父母，其桓温之谓矣。”
群臣道：“陛下所言甚是。”
苻坚道：“桓温行如此之举，看来晋之国祚，不久便将断绝了！”
苻坚说这句话的时候，心情是极为激动的，因为他发现，当今天下，最有资格当天下之主的岂不就是他苻坚了吗！
现在他已经开始思考，什么时候趁着晋国内乱，与王猛一起，一举平定江左，结束这动乱的局面。
而就在这时，殿外一人高声道：“报！”
苻坚道：“进殿禀奏！”
殿外的赵英拿着一本奏章走进了殿门，行礼道：“臣叩见陛下。”
苻坚道：“卿有何事？”
赵英道：“刚收到王将军从邺城送来的奏表，不敢耽搁，请陛下御览！”
苻坚心中正好想起王猛，而王猛的奏表就到了，苻坚不由得心中一喜，说道：“快，给朕呈上来！”
赵英连忙将奏表递上去，苻坚高兴的打开奏章，刚看了两行，脸色便变了，不禁突然站起身来，大声道：“退朝！”
说完，苻坚便朝殿后走去！
群臣见苻坚突然离开，似乎是王猛奏章上说了一件极为重要的事，让苻坚要赶紧去处理。可是见苻坚脸色不好，这一件事，是不是坏事呢？
原来是王猛在邺城日久，只觉身被重任，以一人之力，难以做到十全十美，便上疏苻坚，请求别任亲贤前来邺城！
但苻家却不这么认为，只见那奏表上写着：“臣前所以朝闻夕拜，不顾艰虞者，正以方难未夷，军机权速，庶竭命戎行，甘驱驰之役，敷宣皇威，展筋骨之效，故僶俛从事，叨据负乘，可谓恭命于济时，俟太平于今日。
今圣德格于皇天，威灵被于八表，弘化已熙，六合清泰，窃敢披贡丹诚，请避贤路。设官分职，各有司存，岂应孤任愚臣，以速倾败！
东夏之事，非臣区区所能康理，愿徙授亲贤，济臣颠坠。若以臣有鹰犬微勤，未忍捐弃者，乞待罪一州，效尽力命。
徐方始宾，淮、汝防重，六州处分，府选便宜，辄以悉停。督任弗可虚旷，深愿时降神规。”
苻坚之前让王猛于六州之事，便宜从事，就是想要王猛尽快的处理好六州之事，然后再召他回长安，与自己一起谋取天下，现在王猛突然将关东之事停搁，和自己耍起了小性子，苻坚怎能不生气呢！
但生气归生气，王猛并不是谁都能代替得了的，关东之事，还是要王猛去处理才行，而且苻坚还要指着王猛回朝辅政，于是细细思量一番之后，苻坚道：“研墨！”
不一会儿，墨水已经合适，苻坚提笔蘸墨，写道：“朕之于卿，义则君臣，亲逾骨肉，虽复桓、昭之有管、乐，玄德之有孔明，自谓逾之。
夫人主劳于求才，逸于得士。既以六州相委，则朕无东顾之忧，非所以为优崇，乃朕自求安逸也。
夫取之不易，守之亦难，苟任非其人，患生虑表，岂独朕之忧，亦卿之责也，故虚位台鼎而以分陕为先。
卿未照朕心，殊乖素望。新政俟才，宜速铨补；俟东方化洽，当衮衣西归。”
写完，苻坚道：“传旨，传侍中梁谠来见！”