对于哲学（理性）和信仰的关系，海德格尔（Martin Heidegger）说过一段意味深长的话：
信仰安然作为一种独特的处于真理之中的方式。……一门“基督教哲学”是一种木制的铁器，是一套误解。当然，对基督教经验世界，即信仰也有一种思索和探寻式的研究，这就是神学。只有当人们不再完全相信神学任务的伟大之时，才会生出那种毁败的见解，认为神学只能通过哲学的洗礼才可成立，甚至要被取代以迎合时代口味的需要。对于原始的基督信仰，哲学是一桩蠢事。进行哲学活动意味着追问：“究竟为什么在者在而无反倒不在？”而这种询问意味着，通过澄清所要询问的东西去冒险探究和穷尽在这一问题中不可穷尽的东西。哪里出现了这样的活动，哪里就有哲学。[1]
在海德格尔看来，理性和信仰的结合完全是“误解”，然而，这个“误解”却是西方思想史上不折不扣的事实。
希腊思想和犹太—基督教是两种异质的文化。这两种文化相遇于罗马帝国衰落之际。罗马帝国作为希腊文明的承继者，在对基督教进行了几个世纪的镇压、迫害之后，于4世纪初接受了基督教。在基督教流传的过程中，早期的教父哲学家开始尝试着把希腊思想和基督教融合起来。然而，他们中的一些人对两种文明的异质性有着清醒的认识。2至3世纪的拉丁教父德尔图良（Tertullian）把希腊理性与基督信仰绝对对立起来。他写道：“上帝的儿子也死了，正因为这是不合理的，所以才是可信的。他死而复活了，正因为这是不可能的，所以是完全肯定的。”[2]德尔图良的思想后来以“正因为荒谬，所以我才相信”这句话流传。5世纪的教父哲学家奥古斯丁（Aurelius Augustinus）第一次成功地将希腊的理性精神和基督教信仰熔铸在一个体系中，开创了“理性神学”的道路。11世纪的经院哲学家安瑟尔谟（Anselmus）依据希腊的理性形而上学传统提出关于上帝存在的“本体论证明”。13世纪的经院哲学家阿奎那（Thomas Aquinas）主要根据亚里士多德（Aristotle）的形而上学，同时吸收柏拉图（Plato）和奥古斯丁的学说，从运动或变化、动力因的性质、可能性和必然性、真实性的等级、目的因五个方面证明上帝存在。阿奎那的体系代表着理性神学的顶峰。
由于科学革命的影响，现代哲学把精神排除在自然以外，但是，理性与信仰的矛盾并没有因此消失。它就像一个挥之不去的阴影，纠缠于现代思想的始终。
理性与信仰的问题被保留在现代思想中有两个历史原因。一个是外部的，即天主教会尽管经历了宗教改革运动后已渐渐衰微，但在世俗政权之外仍然保持着强大的力量。所以，哥白尼（Nicolaus Copernicus）把他的著作放在身后出版；而伽利略（Galileo Galilei）则宣称，无论物理学的研究结果如何，都与《圣经》的教义毫无关系。在哲学上，培根（Francis Bacon）采取折衷的方式。他坚持“双重真理”论，认为存在着两种真理：一种是“自然的真理”，这是人通过科学来认识的；一种是“启示的真理”，这是人凭信仰获得的。此一区分只是原则性的，实际上培根“把哲学完全局限于自然研究，拒绝着手讨论真正的形而上学问题，而只让教义去谈论神性和人类超感的命运。培根用夸大的词语来表达这个意思，但是在他夸大之词的后面，很难理解其真意”[3]。另一个是个人信念的原因。对于牛顿（Isaac Newton）来说，自然哲学的数学原理的确实性和对《启示录》的神秘的笃信之间没有任何矛盾。霍布斯（Thomas Hobbes）是现代思想早期少有的无神论者。他认为，“宗教的种子也只存在于人类身上”[4]，上帝的观念来源于人类探究原因的本性以及对不可见力量的恐惧心理。上帝的观念不是天赋的，而是被后天灌输的。统治者利用人心中对宗教的自然倾向制定法律，并将其当作统治的工具。霍布斯的无神论思想在当时应者寥寥。对于哥白尼、开普勒（Johannes Kepler）、伽利略、笛卡尔（René Descartes）和牛顿来说，一个没有上帝的宇宙是不可想象的，尽管他们心目中的“上帝”与正统基督教的“上帝”有着天壤之别。上帝存在的先入之见深深影响着他们的理论。
理性与信仰问题存在的根本原因在于现代知识内部。现代思想在信仰上倾向于用思辨建立一种普遍的“真正的”基督教，即“理性宗教”或“自然宗教”。选择这一道路有两方面的动力。首先是科学知识的限度问题。当牛顿无法从物理学本身为他理论的不可逾越性提供辩护时，就不得不借助上帝的假定。洛克（John Locke）认为，人类的知识起源于经验。经验包括对外物的感觉和对内心活动的反省，由此形成感觉和反省两种简单观念；知识就是对这些观念的符合或不符合的知觉。由于知觉的方式不同，知识可分为三类：一是直觉的知识。这是心灵不借助任何别的观念，直接从两个观念本身觉察到它们的符合或不符合的知识。二是证明的知识。这是心灵借助于另一些观念来发现两个观念间的符合或不符合的知识。三是感性的知识。洛克在有限的程度上肯定这类知识：“确乎还有另一种心灵的知觉，用在外界有限事物的特殊存在上面，这种知觉超出了单纯或然性的范围，却没有完全达到上述两个确定性之一，也称为知识。”[5]洛克认为人类的知识不能超越观念的界限，并且实际上较观念的范围更窄。就直觉的知识而论，人的直觉不能对一切观念进行比较，所以需要借助证明；就证明的知识而论，在确定两个观念是否符合时，并不总能找到中间的观念，如果缺少中间的观念，证明的知识就不可能；至于感性的知识，它不可能超出实际呈现于感官的事物。但是，洛克指出，人类理性又不满足于获得经验范围内的知识，理性不断地提出进一步的问题，而理性自身又无能为力，这时就需要信仰来补充。他给理性和信仰划定明确的界线：“理性的作用在于发现出人心由各种观念所演绎出的各种命题或真理的确实性或概然性”，“信仰是根据说教者的信用，而对任何命题所给予的同意；这里的命题不是由理性演绎出的，而是以特殊的传达方式由上帝来的”。[6]但与培根主张理性和信仰互不相干不同，洛克认为理性高于信仰，信仰不能违背理性；任何事情包括信仰在内，都“必须以理性为最后的判官和指导”。洛克的知识论实际上肯定了牛顿的物理学与形而上学—神学之间的联结的合理性。
其次是道德原则的根据问题。在古代—中世纪，道德原则的绝对性是通过神、上帝的观念来确证的；在现代思想中，道德的根据渐渐倾向于人类自身。人类心灵能否成为道德原则普遍性的基础因此成了一个问题。洛克认为，道德原则和其他观念的知识一样来源于人类的经验，是由经验的积累所形成的社会习俗的力量。人们之所以遵从这些原则，是因为教育和灌输。道德原则因时因地因人群而异。莱布尼茨（Gottfried Wilhelm Leibniz）为这种道德相对主义感到不安。他批驳了洛克的观点，指出道德原则是一种天赋观念。与笛卡尔把天赋观念当作现成的东西不同，莱布尼茨主张，天赋观念是潜存的，是“作为倾向、禀赋、习性或自然的潜能天赋在我们心中，而不是作为现实天赋在我们心中的”[7]。在他看来，上帝在创造时，既赋予人以这种观念的潜能，又赋予他将其变为现实的本能，即“自然之光”。因此，人类通过理性的沉思，可以把潜在的观念清楚、明白地揭示出来。科学知识和道德原则的普遍性的根据都在天赋的观念。按照莱布尼茨的观点，即使是白痴、儿童和野蛮人也具有天赋的道德原则，只是因为他们不能正确运用“自然之光”，所以这些道德原则没有或没有完全在他们身上显示出来。莱布尼茨认为有两种必然性，一种是逻辑的、形而上学的或数学的必然性，另一种是道德的必然性。这两种必然性都归因于上帝。上帝创造世界时，出于至善的目的，在诸多方案中选择了“一切可能世界中最好的世界”，就是现实世界。
洛克和莱布尼茨的争论是现代思想中经验主义和理性主义在科学和伦理基础问题上的一次比较全面的交锋。此后，理性和信仰的关系，作为科学和道德的普遍性的根据问题，变得越来越复杂、尖锐，几乎成了每个哲学家都无法回避的难题。在这方面，康德（Immanuel Kant）的论述代表了启蒙时代最后的、最积极的观点。
康德把世界一分为二：一个是“现象”（Erscheinung，Phenomenon），这是人类经验的世界；一个是“本体”（Noumenon），即“物自体”（Ding an sich），这是人类经验以外的世界。与此对应的是人的两种能力：对应于现象的是“理论理性”或“思辨理性”，即认识能力；对应于本体的是“实践理性”，即意志（道德）能力。对这两种能力的考察分别构成《纯粹理性批判》和《实践理性批判》的主题。但是，批判哲学的特点在于，它不是对具体的认识活动和道德活动即内容的研究，而是对这两种活动的主体条件即“先天”（a priori）形式的研究。在这个意义上，批判哲学又称为“先验哲学”。所谓“先验”（transzendental），是指不是来自经验却又对经验普遍有效的东西。康德说：“我把一切决不是有关对象而是通常有关我们对对象的先天概念的知识称为先验的。”[8]简言之，批判哲学就是要探讨人类理性（广义的，包括理论理性和实践理性）的性质、范围和界限，按康德的说法，就是知识和道德“如何可能”的问题。